Từ quy mô đàn heo lúc đầu khoảng 3.000 con, nay quy mô đàn heo lên đến 32 – 35.000 con. Với sự tăng lên về quy mô, Công ty vẫn có các giải pháp về môi trường. Khi chưa có hệ thống xử lý nứơc thải, Công ty vẫn có giải pháp bảo vệ môi trường. Cụ thể, Công ty đã xây dựng hệ thống Bioga từ những năm 90, chất thải đựơc xử lý qua hệ thống Bioga, cuối hệ thống có máy tách phân để tận thu chất rắn, 80% chất thải rắn qua hệ thống lắng lọc, phần còn lại chảy qua khu vực trồng rau xanh của các hộ dân với diện tích khoảng vài chục hecta. Xác chết động vật chủ yếu đựơc sử dụng cho đàn cá sấu khoảng 4 – 5.000 con, phần xương còn lại được xử lý qua lò thiêu. Tuy nhiên các giải pháp đó vẫn không đủ để giải quyết môi trường. Qua nhiều cố gắng nỗ lực, Công ty đã dày công đi tìm công nghệ xử lý. Cho đến nay công nghệ xử lý của Công ty đựơc UBND Tỉnh chấp thuận theo cột B của Quy chuẩn 24 của Bộ Tài nguyên và Môi trường. Quá trình đi tìm công nghệ cũng mất nhiều thời gian. Ngày 20/04/2011, Công ty Cổ phần chăn nuôi Phú Sơn chính thức khởi công xây dựng hệ thống xử lý nước thải với vốn đầu tư khỏang 4 tỷ đồng. Dự án góp phần giảm thiểu ô nhiễm môi trường đáp ứng lòng mong đợi của Công ty, của bà con xung quanh Công ty, của địa phương và UBND tỉnh. Không những nước thải được xử lý nhưng Công ty sẽ tận dụng khí Bioga để phát điện, góp phần giải quyết quá trình sản xuất.
Với thời gian thi công khoảng hơn 3 tháng, hệ thống sẽ đi vào vận hành, khi hệ thống vận hành Trại heo Phú Sơn sẽ đạt được cột B của Quy chuẩn của Bộ tài nguyên và Môi trường, Khi đó sản phẩm Phú Sơn là heo giống, heo thịt, cá sấu sẽ là sản phẩm chất lượng cao và thân thiện với môi trường như Công ty đã cam kết. hy vọng rằng Công ty Cổ phần chăn nuôi Phú Sơn sẽ rút khỏi danh sách đơn vị gây ô nhiễm môi trường
Một số hình ảnh lễ khởi công